Μοριακή Αναγνώριση

Μοριακή Αναγνώριση (9ο Εξ / Επιλογής / Κωδ.Μηχ. 1405).

Διδάσκεται μόνο στο Τμήμα Βιοτεχνολογίας.

Περιλαμβάνει 3 ώρες θεωρίας και 2 ώρες εργαστηριακών ασκήσεων ανά εβδομάδα.

Διδάσκοντες θεωρίας: Ηλίας Ηλιόπουλος, Τριάς Θηραίου.

Διδάσκοντες εργαστηρίου: Ηλίας Ηλιόπουλος, Τριάς Θηραίου.

Σύντομη περιγραφή μαθήματος:
Περιεχόμενα θεωρίας: Ενότητα Ι. Γενικές αρχές. 1. Δομικά στοιχεία βιομορίων (αμινοξέα, βάσεις,προσθετικά βιομόρια,πρωτείνες, πυρηνικά οξέα). 2. Τύποι αλληλεπιδράσεων που συμμετέχουν στην αναγνώριση ( ποιοτική και ποσοτική ανάλυση). 2α. Αλληλεπιδράσεις μεταξύ ατόμων. 2β. Αλληλεπιδράσεις δομικών στοιχείων μορίων. 3. Ενεργειακή ανάλυση αλληλεπιδράσεων. 3α. Μοριακή Μηχανική. 3β. Μοριακή Δυναμική. 4. Βαθμοί αναγνώρισης, αναγνώριση υψηλής πιστότητας. 4α. Ορισμός της Μοριακής Αναγνώρισης. 4β. Η συμβολή των ατομικών αλληλεπιδράσεων στην αναγνώριση (ι. Υδρογονικοί δεσμοί. ιι. Ηλεκτροστατικές αλληλεπιδράσεις. ιιι. Στερεοδομική παρεμπόδιση). 4γ. Γενική μεθοδολογία σταθεροποίησης εσωτ. ηλ. φορτίων. 5. Περιοχές αναγνώρισης πρωτεινών. 5α. Δομικά στοιχεία. 5β. Η θέση του υποστρώματος. 6. Μέγεθος και πολυπλοκότητα περιοχών αναγνώρισης. Ενότητα ΙΙ. Χημική μεταβίβαση σήματος μεταξύ κυττάρων. 1. Συνήθεις μοριακοί μηχανισμοί για μεταβίβαση σημάτων. 1α. Μηχανισμοί. 1β. Ενεργές ομάδες. 2. Ορμόνες, νευρομεταδότες, τοπικοί χημικοί μεσολαβητές. 3. Μεταβίβαση σήματος στις μεμβράνες και το κυτόπλασμα. 4. Στεροειδείς ορμόνες και οι υποδοχείς τους. Φερομόνες. 5. Δομή μεμβρανικών πρωτεινών. Κανάλια και υποδοχείς. Ενότητα ΙΙΙ. Εφαρμογές στις Γεωπονικές Επιστήμες. 1. Βιοτεχνολογικός σχεδιασμός φαρμάκων. 2. Δημιουργία αντισωματων κατα ιών και βακτηριων. 3. Αντίσταση φυτών σε βακτήρια με μεταλλακτικές διεργασίες. 4. Επεξήγηση σημαντικών διεργασιών των φυτών στο μοριακό επίπεδο. 4α. Μετακίνηση ιόντων στα φυτά. 4β. Φωτοσύνθεση. 4γ. Η κίνηση στα φυτά.

Εργ. ασκήσεις: Μοριακά μοντέλα πεπτιδίων, Μοριακά γραφικά συστήματα, μοντέλα πεπτιδίων και
μεταλλάξεις, Αναγνώριση ενεργών ομάδων, σχεδιασμός φαρμάκων, Αμινοξέα – μελέτη των
στοιχείων δευτεροταγούς δομής πρωτεϊνών, Αιμοσφαιρίνη – Μελέτη των στερεοδομικών
αλλαγών με την οξυγόνωση, Μελέτη των αλληλεπιδράσεων πρωτεΐνης – DNA στο σύμπλοκο
λαμδα καταστολέα/χειριστή, Μελέτη των μεμβρανικών πρωτεϊνών.